朽菌核危害幼苗和鱗莖，碎色花瓣病危害花朵和莖線蟲病危害地上部。鱗莖收藏時，剔除受傷或有病鱗莖，貯藏鱗莖時室內要通風。
風信子的病害防治應以加強管理為基礎、采取積極預防、綜合防治為原則。由于風信子在溫室中生長期較短，以發生病害為主。風信子常見的病害有生芽腐爛，軟腐病、菌核病和病毒病。種植前基質嚴格消毒，種球清選并作消毒處理，生長期間每7d噴一次1000倍退菌特或百菌清，交替使用，可以在一定程度上抑制病菌的傳播。嚴格控制澆水量，加強通風管理，控制環境中空氣相對濕度，出現中心病株及時拔除，可以大幅度降低發病率。